Потребовалось мне настроить flake8 в Pycharm таким образом, чтобы проверялся весь проект сразу и по итогу запуска выдавались кликабельные результаты в консоли — щёлкнул на проблемный файл и сразу перешёл на нужное место.

В интернете есть много примеров конфигурации, но ни одного работающего из коробки я не нашёл, поэтому публикую своё решение.

1. Открываем проект
2. Идём в меню File → Settings, либо нажимаем Ctrl + Alt + S (в Linux).
3. Переходим в Tools → External tools и нажимаем на +, чтобы добавить новую запись.
4. Заполняем форму как на скриншоте ниже:

Обратите внимание, что для вашего проекта, возможно, потребуется по−другому заполнить поля Parameters и Working directory. В моём случае всё заработало именно в такой конфигурации.

{:start="5"} 5. Нажимаем кнопку Output filters и далее добавляем новый фильтр, который будет парсить результаты выдачи Flake 8:

Под Linux есть такой вот баг, с обрезанием поля ввода, поэтому дублирую:

$FILE_PATH$\:$LINE$\:$COLUMN$\:.*

В итоге, после запуска Flake 8 (из меню Tools → External tools) будет такой результат:

Изображение взято отсюда.